人民日报社是中共中央直属事业单位和中共中央的新闻机构，实行编委会领导下的社长负责制。中央纪委在人民日报社派驻纪检组。2009年，经中央批准，人民日报社进行机构与职能调整改革，后又根据发展需要进行局部调整，形成由23个内设机构、1个所属事业单位、72个派出机构、30种社属报刊及若干个社属企业组成的基本架构，初步建立健全了责权一致、分工合理、执行顺畅、监督有力的运行机制和管理体制。

内设机构

办公厅、总编室、新闻协调部、地方部、经济社会部、政治文化部、国际部、文艺部、评论部、理论部、内参部、体育部、人事局、计划财务部、管理保障局、技术部、对外交流合作部、发行出版部、广告部、报刊管理部、机关党委、离退休干部局、人民日报海外版编辑部。